二代16S/18S/ITS測(cè)序是通過(guò)提取環(huán)境樣品的DNA，選擇合適的通用引物擴(kuò)增16S/18S/ITS的目標(biāo)區(qū)域，通過(guò)高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)目標(biāo)區(qū)域進(jìn)行測(cè)序，檢測(cè)目標(biāo)區(qū)域的序列變異和豐度，以研究環(huán)境微生物多樣性及群落組成差異。
16S rDNA測(cè)序: 16S rDNA為編碼原核生物核糖體小亞基rRNA的DNA序列，具有10個(gè)保守區(qū)和9個(gè)高變區(qū)，保守區(qū)反映生物物種間的親緣關(guān)系，高變區(qū)反映物種間的差異。對(duì)16S rDNA某個(gè)高變區(qū)進(jìn)行測(cè)序，用于研究環(huán)境微生物中的群落結(jié)構(gòu)多樣性。
18S rDNA測(cè)序: 18S rDNA為編碼真核生物核糖體小亞基rRNA的DNA序列，18S rDNA也包含可變區(qū)和保守區(qū)。對(duì)18S rDNA某個(gè)高變區(qū)進(jìn)行測(cè)序，用于研究環(huán)境微生物中真核微生物的群落多樣性。
ITS測(cè)序: ITS分為兩個(gè)區(qū)域ITS1和ITS2，ITS1位于真核生物rDNA序列18S和5.8S之間，ITS2位于真核生物 rDNA序列5.8S和28S之間。對(duì)ITS1或ITS2進(jìn)行測(cè)序，用于研究環(huán)境微生物中真菌群落結(jié)構(gòu)多樣性。
| 產(chǎn)品類(lèi)型 | 文庫(kù)類(lèi)型 | 核酸樣本送樣要求 |
| 二代宏基因組測(cè)序 | 350 bp小片段文庫(kù) | 樣本類(lèi)型：無(wú)蛋白和 RNA 污染的樣品 |
| 樣品需求量：≥0.5 μg | ||
| 樣品濃度：≥5 ng/μL | ||
樣品純度： OD260/280=1.6~2.2 OD260/230=0.8~2.2 |
| 環(huán)境樣品 | 種類(lèi) | 送樣量 | 備注 |
| 土壤類(lèi) | 普通土壤 | 250-500 mg/管 | 建議每個(gè)樣本取3~5管以上備份 |
| 根際土壤 | |||
| 淤泥/污泥 | |||
| 糞便類(lèi) | 大型動(dòng)物糞便 | 100-200 mg/管 | |
| 小型動(dòng)物顆粒糞便 | 3粒 | ||
| 腸道內(nèi)容物 | 100-200 mg/管 | ||
| 濾膜類(lèi) | 水體濾膜 | 過(guò)濾5-10 L | |
| 拭子類(lèi) | 拭子類(lèi) | 2-3個(gè)拭子棉簽頭/管 | |
| 唾液類(lèi) | 唾液類(lèi) | 2-5 mL | |
| 其他 | 建議樣本多制備幾份 |
